代理报关企业的报关纳税行为，也是一种具有行政法律性质的行为。同样，代理报关企业要以其独立法人的地位对因其代理报关纳税等活动而产生的后果承担法律责任。
(一)代理报关企业如有下列情事之一的，海关暂停其6个月以内报关权。
1．违反海关监管规定的行为；
2．对报关员管理不当，多次被取消报关员资格的；
3．拖欠税款或不履行纳税义务的；
4．经海关年审不合格或未经海关同意延迟参加年审的；
5．以任何形式出让其名义供他人办理进出口货物报关纳税等事宜；
6．未按规定建立财务账册或报关营业记录，或账册及报关营业记录不真实、不正确、不完整的。在海关规定的年限内不能完整保留委托单位提供的各种单证、票据、函电，不接受海关稽查，未能按海关要求积极协助海关与委托人联系，不能提供委托人与报关纳税等有关的文字记录资料的；
7．因其他原因需暂停报关权的。
(二)代理报关企业如有下列情事的，海关取消其报关权，并缴销《代理报关企业注册登记证书》。
1．原有情况发生变化，已不具备申办代理报关注册登记必备条件的；
2．有上述(一)款情事之一，情节严重的；
3．有走私行为的；
4．被工商行政管理部门吊销《企业法人营业执照》的；
5．有其他原因需取消报关权的。
(三)如果代理报关企业受委托人的欺骗，向海关报关时发生伪报、瞒报行为的，由海关按照法律的规定追缴报关企业的经济责任。代理报关企业因被海关暂停或取消报关权所发生的与委托人之间的经济纠纷，责任自负。
(四)代理报关企业在办理报关纳税等事宜中，有违反《海关法》行为的，除按上述第(一)、(二)款的规定处理外，还要按照《海关法行政处罚实施细则》的规定处理，并追究法定代表人的法律责任。
代理报关企业在海关规定期限内不履行海关补税和处罚决定的，海关除依法追缴和向人民法院申请强制执行外，可直接从注册资金中扣缴。
